تقدم كلية الهندسة - جامعة عين شمس برامج متنوعة للدراسات العليا بنظام الساعات المعتمدة. وتنقسم الدراسات حسب طبيعتها إلى دراسات متخصصة تشرف عليها الأقسام الأكاديمية ودراسات بينية تشرف عليها لجنة أكاديمية مخصصة. يتم اختيار هذه البرامج بعناية لتلبية احتياجات سوق العمل في مصر وكذلك احتياجات السوق الإقليمي الذي يستقطب العديد من خريجي الجامعات المصرية.